Институт истории Академии наук Республики Татарстан создан Указом Президента Республики Татарстан М.Ш. Шаймиева № VII-354 от 14 июня 1996 г.

В 2002 г. Институту истории АН РТ присвоено имя выдающегося татарского ученого-мыслителя, религиозного и общественного деятеля Шигабутдина Марджани.

В настоящее время в ГБУ «Институт истории им. Ш.Марджани АН РТ» функционируют следующие научные подразделения:

• Отдел новой и новейшей истории;
• Отдел средневековой истории;
• Отдел истории общественной мысли и исламоведения;
• Отдел этнологии;
• Центр изучения истории и культуры крещеных татар (кряшен) и нагайбаков;
• Центр исследований истории Золотой Орды им. М.А.Усманова;
• Центр истории и теории национального образования им. Х.Фаезханова;
• Центр этносоциологических исследований (на базе отдела этнологии);
• Центр иранистики;
• Национальный центр археологических исследований им. А.Х.Халикова;
• Музей археологии Республики Татарстан;
• Отдел компьютеризации.

Согласно штатному расписанию 2011 г. в организации насчитывается 134 сотрудника, из них 74 научных работника (54 кандидата и 12 докторов наук).
 

Шигабутдин Марджани (1818–1889), великий татарский просветитель, историк,  философ, религиозный реформатор